Luego de la salida de Benítez del club, Colo-Colo comenzó a vivir una negra etapa tanto en lo futbolístico como en lo financiero. En este último plano, el día 23 de enero de 2002, la justicia decretó la quiebra del club, entregando su administración a un síndico de quiebras.

En el aspecto deportivo, en una de las etapas más difíciles para el club y después de cuatro años, Colo-Colo se consagró campeón nuevamente. Ese año se conformó un equipo integrado por muchos juveniles y jugadores de casa, debido a la quiebra, y de la mano del técnico y ex-jugador Jaime Pizarro, Colo-Colo dio cuenta de la Universidad Católica por 3-2 en la final del Campeonato de Clausura de ese año, alcanzando su vigésimo tercera estrella.

Al año siguiente, y con Iván Zamorano de vuelta en Chile, Colo-Colo llegó a las finales del Apertura y Clausura, pero cayó en ambas con Cobreloa.

Producto de un proyecto ideado y materializado por los dirigentes del Club, en el año 2005 tomó la administración de la institución la sociedad anónima Blanco y Negro S.A., la cual concesionó todos los activos del club por 30 años, a cambio de, entre otras obligaciones,  pagar las deudas con lo obtenido a través de un exitoso proceso de colocación de acciones en la Bolsa de Comercio de Santiago.

Claudio Borghi: Tetracampeonato y Final de la Sudamericana

A fines de 2005 fue contratado como Director Técnico el ex jugador Claudio Borghi.

En el primer semestre del año 2006, y fruto del éxito obtenido con el proyecto Blanco y Negro, la justicia finalmente levantó la quiebra de Colo-Colo y, después de cuatro años, el equipo logró levantar el título nacional número 24. En la final del Torneo Apertura derrotó en lanzamientos penales a su archirrival, Universidad de Chile.

En el segundo semestre, Colo-Colo participó en la Copa Sudamericana 2006, en donde logró alcanzar la final gracias a la brillante actuación de figuras como: Sebastián Cejas, Humberto Suazo y Matías Fernández. En cuartos de final eliminó a Gimnasia y Esgrima de la Plata de Argentina. Después de este partido los albos fueron reconocidos como el mejor club del mundo en el mes de octubre, según la Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol.

En semifinales, derrotaron al Toluca mexicano, y en la final se enfrentaron a Pachuca de México, empatando 1-1 en el Estadio Hidalgo y perdiendo la final de vuelta, el 13 de diciembre de 2006, por 2-1 en el Estadio Nacional.

Al mismo tiempo, en el torneo local Colo-Colo consiguió llegar a la final del Torneo Clausura, en donde dio cuenta de Audax Italiano, al ganarle por 3-0 en el Monumental y por 3-2 en el Nacional, conquistando así su 25º título nacional.

En el año 2007, luego de un apasionante final de campeonato, Colo-Colo se coronó tricampeón por segunda vez en su historia, al ganar el Apertura 2007. En la última fecha derrotó a Palestino por 1-0, superando por un punto a Universidad Católica y por tres al Audax Italiano.

Ya en la segunda parte del año, y luego de adjudicarse el Torneo de Clausura, Colo-Colo se convirtió en el primer club chileno en alcanzar un tetracampeonato. Tras una irregular fase de grupos, en la etapa de play-off superó en cuartos de final a O’Higgins por 5 tantos a 0 en el partido de ida y 1-1 en la vuelta, en semifinales, a Universidad de Chile con victorias por 2-0 como local y 1-0 como visitante, y en la final a Universidad de Concepción por 1 a 0 en la ciudad penquista y 3 a 0 en el Estadio Monumental obteniendo de este modo su 27º campeonato nacional. Pero también este período no sólo resultó exitoso en el ámbito deportivo, sino que en el económico ya que Colo Colo logró vender al extranjero en cifras millonarias a futbolistas nacidos de sus divisiones menores como Matías Fernández y Arturo Vidal.

Pero la historia de títulos no se quedó allí. El Campeonato y la estrella 28 llegaron en el Clausura del 2008, en una final disputadísima frente a Palestino, empate 1-1 en la ida y victoria 3-1 en la vuelta en “Pedreros”, con goles de Lucas Barrios, Daud Gazale y Rodrigo Millar. Colo Colo supo plasmar en la cancha su experiencia de equipo ganador gracias, a la dirección técnica de Marcelo Barticciotto y figuras como: Claudio Muñoz, Macnelly Torres, Gonzalo Jara, Arturo Sanhueza, Luís Mena, Miguel Riffo y Rodrigo Meléndez. En este certamen, el delantero argentino, Lucas Barrios, máximo artillero, del año, alcanzó la cantidad de 37 goles convertidos en una misma temporada en campeonatos nacionales, que tenía el recordado goleador curicano, Luís Hernán Álvarez, cuyo registro se extendía desde 1963.